A lo largo del territorio que hoy ocupa nuestro municipio tenemos evidencia de una serie de vestigios arqueológicos que dan cuenta del desarrollo y alto grado de sofisticación que alcanzaron los grupos humanos que se establecieron en él, teniendo presencia de elementos de las culturas Mixteca, Zapoteca y Nahua, siendo así un paso y punto de intercambio importante.
 
Hoy en día, los vestigios más antiguos explorados se encuentran en el sitio de “La Lomita”, en el Barrio del Rosario o Segunda Sección de nuestro municipio. Este lugar muestra signos de ocupación durante el periodo Preclásico Medio (1300 años a.C) hasta el Posclásico Tardío (1200-1521 años d.C).
 
Respecto a los vestigios más antiguos, los estudiosos proponen que son la evidencia de una aldea temprana agrícola sedentaria, pues el asentamiento se encuentra a orilla del actual Arroyo Cuajilote, y se cree que pudo haber sido una jefatura contemporánea a San José Mogote.
 
Por otro lado, el 7 de septiembre de 1967, se informó del descubrimiento de una tumba en este sitio. Los arqueólogos proponen que los restos corresponden a la traza de un palacio de una familia de alto rango. De esta ocupación destaca el descubrimiento de la Tumba 1967-1, la cual fue construida por elementos de un edificio anterior. La fachada de la tumba que podemos apreciar hoy día, destaca por el dintel decorado con cráneos pintados, una posible representación del dios zapoteca Pitao Pezelao, así como de las jambas que lo sostienen y otros elementos distribuidos en su fachada.
 
Con la llegada de los Mexicas, aproximadamente en el año 1494, se denomina a la comunidad en lengua náhuatl como Cuauhxilotitan (Lugar o tierra de árboles de cuajilote), siendo así un punto de recaudación de tributo de las comunidades vecinas. En la Matrícula de Tributos y el Códice Mendocino, se identificó a la comunidad con el glifo que hoy es nuestro escudo oficial.